1、可以用于分析真核生物复杂的转录本的结构及表达水平，精确地识别可变剪切位点以及cSNP(编码序列单核普酸多态性)，提供最全面的转录组信息。 2、快速获得您感兴趣的不同细胞或者不同组织内的mRNA种类及其丰度，分析mRNA的差异表达信息。 3、通过差异表达基因功能分析，可以发现在细胞分化，特别是胚胎干细胞和神经干细胞分化，机体发育，信号转导等生物学过程中基因表达调控改变的整体特征。

1、直接得到核酸序列信息，除了得到基因表达量的差异，更可以检测RNA的结构和结构变异。 2、开放性的转录组分析：无需参考基因组信息，无需设计探针，不但能检测已知基因还能够发现新的转录本。 3、在测序覆盖率足够大时能够检测到细胞中的低丰度转录本。 4、随着测序深度的增加可以获得更广的动态检测范围，能够同时鉴定和定量高丰度转录本和低丰度转录本。